Фамилия Михейдин — редкий пример, где на стыке имени и суффикса произошла неожиданная перестройка. В её основе лежит крестильное имя Михей, одна из народных форм канонического имени Михей (древнееврейское «подобный Богу»). В русской традиции имя Михей встречалось нечасто, но давало целый ряд производных: Михейка, Михеев, Михеичев. Фамилия Михейдин пошла по другому пути: к основе «Михей» добавили суффикс -дин, который в данном случае не типичный русский патронимический показатель, а скорее искажённый вариант отчества через форму «Михейдин сын». Обычно такие фамилии на -дин образуются от имён, оканчивающихся на -а или -я (Никодим — Никодидин, Фома — Фомин), но здесь имя Михей (с конечным -ей) при присоединении суффикса -ин дало бы Михеин. Вместо этого появился сдвоенный суффикс -ейд-ин, что может указывать на диалектное или канцелярское упрощение: в документах XIX века писцы нередко «наращивали» фамилии, чтобы избежать омонимии с другими родами. Михейдин — это, по сути, «потомок того, кого звали Михей», но записанный в нестандартной грамматической форме.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где имя Михей бытовало активнее, чем в северных губерниях. Встречается в единичных записях по Курской, Воронежской и Харьковской губерниям — зонах, где смешивались великорусские и малорусские говоры и где писцы могли свободно обращаться с суффиксами. Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются. Интересно, что фамилия сохранила архаичную огласовку: если бы её писали по современным правилам, скорее всего, получилось бы Михеев или Михеичев, но закрепился именно этот вариант — возможно, из-за того, что в метрических книгах её записали «на слух», с характерным для юга «д» вместо «в» в суффиксе.

Есть и вторая, менее вероятная версия: что Михейдин — это описка или вариант фамилии Михеевдин, где -дин — остаток от тюркского компонента (ср. фамилии на -дин у татар или башкир: Миннебаев, Ахметдин). Однако для такого объяснения нет надёжных доказательств: имя Михей нехарактерно для тюркской ономастики, а сама фамилия в документах не встречается в «чисто тюркском» контексте. Поэтому основная гипотеза — русское патронимическое образование с нестандартной морфологией, закреплённое в письменной традиции конкретного региона. Носителям фамилии стоит искать корни в южных губерниях Российской империи, а не в центральных или северных.