Фамилия Михотина восходит к старинному русскому имени Михота — просторечной, обиходной форме канонического имени Михаил. Само имя Михаил пришло из древнееврейского и означает «благонравный», «подобный Богу». На Руси такие сокращённые формы (Михота, Михей, Миша) были повсеместно распространены в крестьянской и посадской среде: полное церковное имя звучало слишком торжественно для будничного общения, поэтому в быту человека звали коротко и по-свойски. Именно из таких обиходных имён и выросли многие русские фамилии.

Образование фамилии простое и прозрачное: к основе Михот- добавили типичный для русских фамилий суффикс -ин. Такой суффикс указывает на принадлежность: Михотин буквально значит «сын Михоты», «ребёнок того, кого звали Михота». Модель с -ин характерна для фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому форма Михотин выглядит естественнее, чем, скажем, Михотов. Впрочем, в документах встречается и вариант Михотов — он возник по аналогии с фамилиями на -ов, но именно Михотин сохранил прямую связь с исходным именем.

Поскольку Михота — имя не аристократическое, а народное, основатель рода Михотиных, скорее всего, принадлежал к простому сословию: крестьянам, ремесленникам или мелким служилым людям. Фамилии такого типа массово закреплялись в XV–XVII веках, когда государство начало учитывать население и требовало, чтобы у каждой семьи было наследственное прозвание. Потомок человека по имени Михота, получая фамилию, невольно сохранял память о предке — его имя становилось родовым знаком на столетия вперёд.

Сведения о конкретных носителях фамилии дошли до нас в метрических книгах и ревизских сказках. Так, в документах упоминаются Дмитрий Иванович Михотин, родившийся в 1880 году в селе Бессоновка Пензенского района Пензенской области, и Фёдор Иванович Михотин, появившийся на свет в 1904 году в том же селе Бессоновка Бессоновского района. Оба — вероятные родственники, что говорит о прочных корнях фамилии в пензенском крае. Село Бессоновка — старинное русское село, и местные фамилии часто привязаны к конкретной местности, где род жил поколениями. Сегодня фамилия Михотина встречается нечасто, но именно эта редкость делает её ценной: за ней стоит живая история конкретных людей, а не массовое искусственное прозвище.