Фамилия Микитён — довольно редкий пример, где русская по сути основа соединилась с белорусским или западнорусским суффиксом -ён. В отличие от массовых -ов/-ев, этот суффикс указывает на «сына» или «потомка» по более архаичной модели. Если бы фамилия формировалась в центральной России, она звучала бы как Микитин. Но окончание -ён выдаёт регион происхождения: скорее всего, запад нынешней Смоленщины, Брянщина или восток Беларуси, где такие формы были в ходу.

В основе лежит имя Микита — народная форма канонического Никита. В русских говорах начальное «н» часто отпадало перед «и»: из греческого Nikētas получилось Никита, а в просторечии — Микита. Такая замена встречается и в других именах (Миколай вместо Николай). Так что Микитён — это буквально «сын Микиты», то есть потомок человека, которого в быту звали именно Микитой, а не Никитой.

Интересно, что в некоторых говорах слово «микита» могло иметь и прозвищное значение — так называли хитрого, изворотливого человека (сравните с фразеологизмом «под микитки»). Но для фамилии эта версия менее вероятна: прозвища от имени всегда первичны, и лишь потом, при утрате связи с именем, слово могло переосмыслиться.

Фамилия — патроним, то есть образована напрямую от имени отца без дополнительных суффиксов принадлежности. В крестьянской среде такие формы нередко закреплялись как фамильные: если главу семьи звали Микитой, его детей в документах могли записать просто «Микитён» (тот, кто из рода Микиты). Позже это стало наследственным.

Встречаются варианты написания — Микитен, Микитёнок. Но форма с -ён наиболее характерна для письменных источников XIX — начала XX века. Сословного барьера у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки — везде, где было распространено имя Микита.