Фамилия Микитьева — женская форма от Микитьев, а та, в свою очередь, образована от просторечной формы крестильного имени Никита. В русской народной среде имя Никита часто произносили как Микита — с заменой начального «н» на «м» под влиянием южнославянских или диалектных говоров. От этой основы и пошли фамилии Микитин, Микитов, Микитьев. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Микитьев, то есть сын или потомок Микиты.

В основе лежит греческое имя Никита (νίκη — «победа»), означавшее «победитель». Однако напрямую фамилия не отсылает к победе — она закрепилась как отчество, указывающее на отца по имени Микита. Такая форма бытовала преимущественно в северных и центральных губерниях России, где акающие говоры и смягчение согласных давали варианты вроде Микитьев вместо более распространённого Микитин.

Редкость фамилии в том, что она сохранила именно суффикс -ев, а не более типичный -ин. Обычно от имён на -а (Никита, Фома, Савва) образовывали притяжательные прилагательные с суффиксом -ин: Никитин, Фомин, Саввин. Вариант Микитьев — исключение, возникшее, скорее всего, из-за того, что имя воспринималось как Микит, с твёрдым согласным в основе, и по аналогии с фамилиями вроде Иванов от Иван. Это указывает на то, что предок носителя фамилии мог жить в местности, где имя склоняли по мужскому роду, а не по женскому.

Никаких документальных свидетельств о сословной принадлежности первых Микитьевых нет. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия: дворянские роды редко образовывались от просторечных форм имён. Встречаемость фамилии низкая, она не входит в списки распространённых русских фамилий, что подтверждает её локальный и, вероятно, поздний характер — закрепилась она уже после отмены крепостного права, когда фамилии массово давали по отцу.