Фамилия Миклухин принадлежит к древнему пласту русских семейных именований, образованных от разговорных форм крестильных имен. В ее основе лежит имя Миклуха — просторечный вариант канонического имени Николай. Такие «народные» формы (Миклуха, Микола, Микула) были широко распространены в повседневном обиходе средневековой Руси, в то время как полное имя использовалось преимущественно в церковной среде.

Имя Николай восходит к древнегреческому Nikolaos, которое складывается из двух основ: nika — «побеждать» и laos — «народ». Буквально оно означает «победитель народов». За этим именем стоит фигура Святого Николая Мирликийского — архиепископа города Миры в Ликии, жившего в IV веке. Он стал одним из самых почитаемых святых на Руси, известным как Николай Чудотворец и Николай Угодник. По преданию, в 325 году на Никейском соборе он выступал против учения Ария, а на Руси его образ был окружен множеством легенд — вплоть до сказаний о том, как святой остановил Ивана Грозного, явившегося громить город в 1570 году.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: к основе Миклуха присоединили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Первоначально Миклухин означало «сын Миклухи» или «человек из рода Миклухи». Такой способ формирования фамилий был особенно характерен для северорусских земель и Поволжья, где имена на -уха встречались чаще, чем в центральных областях.

Интересно, что фамилия сохранила редкую фонетическую черту: переход начального «Ни-» в «Ми-». Это результат древнего народного переосмысления, когда трудное для произношения сочетание упрощалось. Тот же процесс мы видим в фамилиях Микулин, Миколаев и в имени Микула Селянинович из былинного эпоса. Таким образом, Миклухин стоит в одном ряду с целым семейством «народных» фамилий от имени Николай, но отличается от них именно своей исходной формой.

Сам по себе суффикс -уха в основе имени придавал ему фамильярно-ласкательный оттенок. Так могли звать младшего члена семьи или человека в дружеском кругу. Со временем это обиходное прозвание закрепилось за потомками и превратилось в устойчивую фамилию, которая дошла до наших дней практически без изменений.