Фамилия Миклухин — классический пример русской фамилии, образованной от уменьшительной формы крестильного имени. Её основа — Миклуха, просторечный вариант канонического имени Николай. Имя пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка, где Nikolaos складывается из двух корней: nika («побеждать») и laos («народ»), то есть «победитель народов».

Покровителем имени считается Святой Николай Мирликийский, он же Николай Чудотворец и Николай Угодник — один из самых почитаемых святых на Руси. Архиепископ города Миры в Ликии, участник Никейского собора 325 года, где он выступал против арианской ереси, он стал героем множества народных преданий. Одно из них гласит, что в 1570 году святой явился Ивану Грозному и остановил царя, собиравшегося громить город. Образ защитника и заступника сделал имя Николай чрезвычайно популярным, а от его многочисленных домашних форм — Микола, Миклуха, Миклушка — пошли десятки фамилий.

Модель образования фамилии проста и типична для XVI–XVII веков. В быту человека звали Миклухой, а его детей и домочадцев — «Миклухины» (чей? — Миклухины). Суффикс -ин указывает на принадлежность, поэтому фамилия закрепилась за потомками человека по имени Миклуха. Интересно, что та же основа дала и фамилию Миклухо, которую носил знаменитый путешественник и этнограф Николай Николаевич Миклухо-Маклай, чей предок, по семейному преданию, был запорожским казаком.

О точном месте и времени возникновения фамилии Миклухин говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и разные ветви рода могли получить её независимо друг от друга в разных регионах. Можно лишь утверждать, что это относительно редкая фамилия, сохранившая в себе живую народную форму имени, которая в современном обиходе уже почти исчезла. Она — памятник не столько письменности, сколько живой разговорной стихии, где церковное имя перекраивалось на русский лад.