Фамилия Миклухина образована от прозвищного имени Миклуха — так в старину в народной, обиходной среде переделывали каноническое имя Николай. Церковная форма восходит к греческому Nikolaos, где nika значит «побеждать», а laos — «народ». Проще говоря, Николай — «победитель народов». Но в живой речи греческое сочетание звуков оказалось неудобным, и имя обросло уменьшительными вариантами: Микола, Микула, а затем и Миклуха. От этой простонародной формы и пошла фамилия через типичный патронимический суффикс -ин: Миклуха → Миклухин → Миклухина.

Покровителем имени считается Святой Николай Мирликийский, чудотворец, архиепископ города Мир в Ликии. В 325 году на Никейском соборе он выступал против ариян — этот факт из жития закрепился в церковном предании. На Руси Николай Чудотворец (или Николай Угодник) был одним из самых почитаемых святых во всем православном мире. С ним связывали множество чудес: от спасения моряков до заступничества за несправедливо осужденных. По одному из преданий, в 1570 году святой явился Ивану Грозному и остановил царя, который собирался громить город, — этот сюжет тоже отражает народное почитание Николая как грозного заступника.

Скорее всего, основатель рода Миклухиных был выходцем из простого сословия. На это указывает сама форма имени: Миклуха звучит по-крестьянски, без книжной торжественности. В документах XVII–XVIII веков такие имена встречались в среде посадских людей, крестьян и служилых низших разрядов. Потомок человека по прозвищу Миклуха со временем получил фамилию Миклухина — сначала как отчество, затем как наследственное родовое имя.