Фамилия Миколайцева — женская форма, а её мужской вариант — Миколайцев. В основе лежит имя Миколай, народная форма крестильного имени Николай (от греческого «николаос» — «победитель народов»). В русских говорах, особенно в южнорусских и украинских, звук «и» часто заменял начальное «ни»: Миколай вместо Николай. Это не ошибка, а диалектная особенность, закреплённая в фамилиях целых регионов.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й». В данном случае Миколай → Миколайцев. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: от имени отца (Миколай) притяжательным суффиксом «-ев» делали фамилию для сына. То есть Миколайцев буквально означал «сын Миколая».

Интересная деталь: фамилия Миколайцев встречается реже, чем однокоренные Миколаев или Миколенко, что говорит о её более узкой локальной привязке. По данным исторических источников, носители фамилии концентрировались в Курской, Воронежской и Тамбовской губерниях — как раз в зоне, где «миколаевский» говор был нормой. Встречается и вариант написания с одной «л» — Миколацев, но это не меняет корня.

Социальный контекст: фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская. В документах XVIII–XIX веков Миколайцевы — это государственные или помещичьи крестьяне, реже — однодворцы (особый слой южнорусских служилых людей, живших на границе). Само имя Миколай в народной среде было одним из самых распространённых, поэтому фамилия не редкая, но и не массовая.

Есть ещё одна версия, которую иногда выдвигают: от прозвища Миколай, данного человеку с каким-то особым отношением к Николаю Чудотворцу (например, родившемуся на Николу). Однако это лишь частный случай той же основы — имя остаётся главным источником. Сомнительные гипотезы о происхождении от польского «mikolaj» (что то же самое) или от географического названия не подтверждаются ни геораспределением, ни словообразованием.