Фамилия Милёхены — прекрасный образец севернорусской ономастической традиции. В то время как в центральной России и Поволжье фамилии чаще всего образовывались с помощью суффиксов -ов/-ев (Милёхов) или -ин (Милёхин), на Русском Севере, в частности в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях, закрепилась форма на -их, -ых. Она отвечала на вопрос «чьи вы будете?»: Милёхены — значит «люди из семьи Милёха». Такая модель указывала на принадлежность целому роду, а не одному конкретному предку, и передавалась из поколения в поколение без изменений.

В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Милёха. Это уменьшительно-ласкательная форма от слова «милый» или от личных имён вроде Милий, Милован, Емельян (в народной форме Мильян). В русской деревне слово «милый» не всегда имело романтический оттенок — им могли назвать спокойного, приветливого человека, любимого в семье ребёнка или просто доброго соседа. Суффикс -ёх- (как в словах Пантюха, Тимоха) придаёт имени фамильярный, бытовой характер: Милёха — это «наш Милый», свой в доску парень.

Милёхены — фамилия недворянская. Её носители почти наверняка происходят из государственных или экономических крестьян. В переписных книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются в записях целыми гнёздами: «деревни Погорелово крестьяне Милёхены». Поскольку фамилия указывала на весь род, женщина, выходя замуж, могла сменить свою «иховую» фамилию на мужнину или остаться Милёхеной — в документах встречаются оба варианта.

Географически фамилия привязана к северным территориям. Наибольшая концентрация Милёхенов исторически фиксируется в Вологодской области, особенно в Великоустюгском и Кичменгско-Городецком районах, а также в Кировской области. Встречается она и в Сибири, куда северян переселяли в ходе аграрных реформ или ссылали за старообрядчество — многие Милёхены были староверами, что подтверждается метрическими книгами поморских общин.

Интересная деталь: в некоторых говорах ударение в фамилии смещается на последний слог — Милёхены́. Это не ошибка, а диалектная особенность, подчёркивающая, что фамилия живёт в устной речи дольше, чем в письменных списках. В современных паспортах и базах данных чаще закреплён вариант Милёхены с ударением на ё, но в глубинке до сих пор можно услышать старую форму.