Фамилия Милета — редкий случай, когда прозвищное имя могло перейти в фамилию почти без изменений, минуя типичные русские суффиксы. В основе лежит личное имя или прозвище Милета, которое, скорее всего, происходит от древнегреческого названия города Милет (Μίλητος) — богатого торгового полиса на побережье Малой Азии. Такие «географические» прозвища давали людям, побывавшим в дальних краях или торговавшим с греками, либо потомкам выходцев из тех земель. В русской среде имя Милета могло закрепиться как мирское, нецерковное, особенно на юге России и Украине, где контакты с греческим населением были исторически плотными.

Словообразовательная модель здесь проста: основа Милет- плюс окончание -а. Это типичная для южнославянских и украинских фамилий форма, где суффикс не требуется — прозвище или имя становится фамилией напрямую (сравните: Бонда, Вереща, Коса). В русской ономастике такие «голые» основы встречаются реже и часто указывают на западнорусское или украинское происхождение рода. Если бы фамилия оформилась в центральной России, она бы звучала как Милетов или Милетин.

Существует и менее вероятная, но возможная версия: связь с церковнославянским словом «милет» — так в некоторых источниках называли особый вид пшеничной крупы. В этом случае прозвище Милета мог получить мельник, торговец зерном или человек, отличавшийся бледным, «мучнистым» цветом лица. Однако географическая привязка к древнему городу выглядит убедительнее: фамилия Милета встречается в сербской, хорватской и черногорской среде, где память о греческих колониях на Адриатике и Балканах сохранялась веками.

В России фамилия редкая, в основном фиксируется у потомков южных славян, переселившихся в имперский период, или у греческих поселенцев Приазовья. Носители фамилии Милета в XIX веке чаще всего были мещанами или крестьянами, а фамилия передавалась по мужской линии без изменений, что говорит о её позднем закреплении — уже после отмены крепостного права, когда фамилии стали обязательными для всех сословий.