Фамилия Миллионков — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, не затемнено веками. Самая прямая и правдоподобная версия: её дали не бедному человеку. В основе лежит слово «миллион» или прозвище Миллион, Миллионщик. В России XVIII–XIX веков так могли назвать купца, заводчика или откупщика, который ворочал крупными суммами, — человека, чьё состояние измерялось миллионами рублей. Для крестьянской среды это прозвище было бы скорее насмешкой или фантазией, но именно купеческая среда и порождала такие «дорогие» фамилии.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Миллионков — сын Миллиона или Миллионка. Интересно, что фамилия не получила распространения: она почти не встречается в центральных губерниях, где жили основные массы крестьянства. Её ареал — скорее юг России, области казачества и торговые города, где деньги и капитал были на слуху. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается как типовая, что подтверждает её штучный, нетиражированный характер.

Есть и альтернативная, но гораздо менее вероятная версия: от тюркского имени Миллион или искажённого Мелик (князь, владыка). Однако для такого перехода нет фонетических оснований, а связь с русским «миллион» лежит на поверхности. Скорее всего, предок Миллионковых был заметной фигурой в своём городе или местечке — купцом первой гильдии, владельцем заводов или крупным подрядчиком. Фамилия звучала как вывеска: «Миллионковы» — те, кто при деньгах.