Фамилия Милохина образована от мирского имени или прозвища Милоха, которое восходит к прилагательному «милый». Так в старину могли назвать симпатичного, миловидного парня, а также человека с кротким нравом, добродушного и незлобивого. Потомок человека по имени Милоха со временем получил фамилию Милохина.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Милох- добавляется притяжательный суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Милохин сын). Это один из древнейших типов русских фамилий, характерный для имён, оканчивающихся на -а или -я. Аналогично построены фамилии Дорохин (от Дороха), Мамохин (от Мамоха) и многие другие.

Интересно, что имя Милоха не было редкостью в дохристианской и раннехристианской традиции именования. Оно относится к пласту «мирских» имён, которые давались не при крещении, а в быту, часто как пожелание или характеристика. Корень «мил-» встречается в целом гнезде родственных фамилий: Милов, Миловидов, Милославов, Милёхин. Все они так или иначе связаны с понятием «милый», но Милохина выделяется именно уменьшительно-ласкательным суффиксом -ох-, который придаёт имени оттенок теплоты и простоты.

Версия о происхождении от прозвища выглядит более правдоподобной, чем от крестильного имени: в святцах имени Милоха нет, а вот прозвища, описывающие внешность или характер, были широко распространены. Милохой могли называть не только миловидного человека, но и того, кто был «мил» в общении — приятный собеседник, любимец в семье или общине. В некоторых говорах слово «милоха» употреблялось и как ласковое обращение к женщине, но фамилия с суффиксом -ин закрепилась за мужским родом.

Судя по форме фамилии, она могла возникнуть в северных или центральных русских землях, где такие «уменьшительные» мирские имена были особенно употребительны. Сегодня фамилия Милохина встречается нечасто, что неудивительно: основная масса таких фамилий осталась в деревнях, а в городах они часто видоизменялись или вытеснялись более «благозвучными» вариантами. Тем не менее, за этой фамилией стоит живая история прозвища, которое когда-то точно и ласково описывало человека.