Основой фамилии Милохин послужило мирское имя Милоха. Мирское имя Милоха восходит к прилагательному «милый». Возможно также, что в основе фамилии лежит прозвище Милоха, которое мог получить симпатичный, миловидный парень или человек с кротким нравом, добродушный и незлобивый. Таким образом, фамилия Милохин может указывать на особенности характера или внешности предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милоха, со временем получил фамилию Милохин.