Фамилия Милюханов — один из тех случаев, где суффикс -ов указывает на принадлежность, а основа скрывает неочевидное имя. Вопреки возможной догадке, корень здесь не связан с «милым» или «милостью» напрямую. Скорее всего, в основе лежит разговорная форма крестильного имени Емилиан (от латинского Aemilius — «соперник»). В русской народной традиции это имя дробилось на десятки уменьшительных вариантов: Миля, Милюха, Милюта, Миляй. Фамилия Милюханов образована от формы Милюхан — той же модели, что и Милюков, Милютин, но с редким суффиксом -ан, который в русской антропонимии придавал имени оттенок просторечной ласки или, наоборот, грубоватости («Милюха» звучало фамильярно, как «Петруха» или «Ванюха»).

Таким образом, Милюханов буквально означает «сын Милюхана», то есть потомок человека, которого в быту звали Милюхан. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской губерниям, где были распространены именно такие усечённые формы имён. Встречается она нечасто, что подтверждает её происхождение от локального прозвищного варианта, а не от массового канонического имени.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия, которую иногда выдвигают: связь с тюркским словом «милюк» (сорт яблок) или с диалектным «милюха» (неуклюжий человек). Но она не выдерживает критики, поскольку на Русском Севере, где фамилия фиксируется раньше всего, тюркизмы почти не встречались, а диалектное значение не имеет письменных подтверждений в ономастических справочниках. Надёжнее придерживаться версии с именем Емилиан — она проста, логична и подтверждается словообразовательными параллелями (сравните фамилии Емельянов, Милюков, Милютин).

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: в переписных книгах XVII–XVIII веков Милюхановы значатся и среди крестьян, и среди посадских людей. Никакого однозначного дворянского происхождения у фамилии нет, что делает её типичным примером «фамилии из отчества», возникшей в среде простого люда. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был крестьянином или ремесленником, а его деда звали в деревне не иначе как Милюха.