Фамилия Минакаевы — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а тюркское прозвище, связанное с ремеслом или занятием. Вопреки интуитивному ожиданию, она не имеет отношения к имени Мина (сокращение от Минай или Мина), хотя такой вариант и напрашивается. Разбор указывает на тюркский корень «минакай» — в ряде диалектов (татарском, башкирском, казахском) так называли мастера-чеканщика по металлу или ювелира, работающего с мелкими деталями. Суффикс «-ев» — стандартный русский патронимический формант, который прикрепился к основе при переходе фамилии в русскую официальную среду, скорее всего, в XIX веке.

География бытования фамилии узкая. Подавляющее большинство Минакаевых — выходцы из западных и южных районов Татарстана, а также из соседних областей Башкортостана и Оренбуржья. Это не случайность: именно в этих регионах исторически были развиты кустарные промыслы, особенно обработка цветных металлов, изготовление украшений и конской упряжи. Прозвище «Минакай» мог получить либо сам мастер, либо глава семьи, чьё ремесло стало родовым.

Словообразовательная модель необычна тем, что фамилия образована напрямую от прозвища ремесленника, а не от крестильного имени. В русской ономастике это встречается реже, чем фамилии на «-ов» от имён (Иванов, Петров). Минакаевы стоят в одном ряду с фамилиями вроде Кузнецов, Плотников, но с той разницей, что исходное слово «минакай» не стало общеупотребительным и осталось диалектным.

В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксировалась в двух вариантах: Минакаев и Минакеев. Второй вариант — результат редукции безударного гласного, характерной для некоторых говоров Поволжья. После унификации написания в советских паспортах закрепилась форма Минакаев. При этом ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: Мина́каев.

Сословная принадлежность Минакаевых — почти исключительно крестьяне государственные или экономические (то есть не крепостные). В Татарстане и Башкирии государственные крестьяне часто занимались ремёслами и отхожими промыслами, что хорошо согласуется с гипотезой о происхождении фамилии. Дворянских родов Минакаевых в «Бархатной книге» или «Общем гербовнике» не зафиксировано — фамилия сугубо народная.