Фамилия Миндыгулова — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней отчётливо слышен тюркский корень, и почти наверняка это фамилия башкирского или татарского происхождения. Женская форма указывает на мужскую — Миндыгулов, а та, в свою очередь, образована от личного имени.

Разбираем имя-основу. Первая часть «Минды» — это, скорее всего, искажённое или диалектное «Минде», что восходит к тюркскому «мин» (родинка, знак, метка). В башкирской и татарской антропонимии имена с компонентом «Мин» или «Минле» (буквально «с родинкой») были распространены: родинка считалась счастливой приметой, оберегом. Вторая часть «гул» — это «гөл» (цветок), очень частый компонент в составных тюркских именах (сравните Гульнара, Гульфия). Таким образом, имя Миндыгул (Миндегөл) можно перевести как «цветок с родинкой» или «цветок-отметина» — поэтичное имя-пожелание красоты и счастливой судьбы.

Суффикс «-ов/-ева» в русской огласовке указывает на принадлежность: Миндыгулов — сын (или потомок) Миндыгула. Это типичная модель русификации тюркских фамилий в XVI–XIX веках, когда башкиры и татары переходили на русское делопроизводство и фамилии оформляли по русскому образцу.

Географически фамилия Миндыгулова чаще всего встречается в Башкортостане и Оренбургской области, реже — в Челябинской и Самарской. Носители, скорее всего, потомки башкирских или татарских крестьян, тептярей или служилых людей. Сословная принадлежность могла быть разной: от рядовых общинников до старшин, но по фамилии это не определить — она даёт только имя родоначальника.

В написании возможна путаница с похожими фамилиями вроде Миндигулов или Миндыгулов — это варианты одного корня, обусловленные разным произношением в говорах. Но форма с «ы» после «д» — самая устойчивая, именно она закрепилась в паспортах.