Фамилия Миндюкова — женская форма мужской фамилии Миндюков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Миндюк. Самая вероятная версия происхождения связана с тюркскими языками, где слово «мин» означает «тысяча», а «дюк» (или «тюк») — «бремя», «груз». В переносном смысле Миндюком могли называть человека, который «тянет на тысячу», то есть богатого, весомого в обществе, или же, наоборот, того, кто взвалил на себя непосильную ношу. В русских говорах слово «миндюк» не фиксируется, что указывает на заимствование из соседних культур — татарской, башкирской или казахской.

Модель образования фамилии типична для южнорусских и волжских регионов: тюркская основа плюс русский патронимический суффикс -ов (-ев). В XVI–XVII веках такие фамилии часто получали служилые люди, казаки или крестьяне, жившие на пограничье с тюркскими народами. Встречаются однокоренные фамилии Миндюк, Миндюков, Миндюкевич — все они восходят к одному корню, но различаются по территории распространения. Миндюковы чаще всего фиксируются в Поволжье и на Южном Урале, что подтверждает связь с тюркским субстратом.

Менее убедительная версия выводит фамилию от уменьшительной формы христианского имени Мин (от Минодора, Мина) с суффиксом -дюк. Но этот путь сложнее: суффикс -дюк нехарактерен для русских имён, а в тюркских языках он работает как обычный словообразовательный элемент. Поэтому версию с тюркским прозвищем считаем основной.

Фамилия редкая, в списках массовых русских фамилий не числится. Носители фамилии Миндюкова — это, скорее всего, потомки людей, живших в зоне активного русско-тюркского контакта, возможно, казаков или торговцев.