Фамилия Минденко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко в украинской ономастике — один из самых распространённых патронимических показателей, означающий «сын» или «потомок». Если бы фамилия была русской, она, скорее всего, имела бы окончание -ов или -ин. Поэтому Минденко — это «сын Минды» или «потомок человека по прозвищу Минда».

Что скрывается за основой «Минда»? Здесь возможны два основных пути. Первый — прозвище, образованное от названия растения. Миндаль в южных регионах (Украина, Молдавия, Крым) был известен и мог стать основой для прозвища: Минда — человек, похожий на миндаль (например, с узкими глазами или светлыми волосами) или связанный с торговлей этим орехом. Второй, более вероятный вариант — это сокращённая форма от крестильного имени. В православных святцах есть имя Мина (от греческого «месяц»). В быту его уменьшали до Минька, Миня, а в украинской среде — до Минда. Тогда Минденко — прямой потомок Мины, то есть сын человека, которого в семье или в селе звали Миндой.

Географически фамилия Минденко тяготеет к центральной и восточной Украине, а также к южным областям России, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись украинские крестьяне. Среди носителей фамилии преобладали люди из крестьянского или казачьего сословия: патронимическая модель на -енко в XV–XVII веках закрепилась именно в этих слоях, в отличие от шляхетских фамилий на -ский.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Минденко стоит в одном ряду с Миненко, Минаков, Минин. Различие только в суффиксе: Миненко — от Минь (украинская форма), Минаков — от Минак (уменьшительное с суффиксом -ак), а Минденко — от Минда. Последняя форма встречается реже, что делает фамилию более локальной и, возможно, привязанной к конкретному говору, где «д» вставлялось для благозвучия.