Фамилия Минер — редкий случай в русском ономастиконе, где ясное значение слова вступает в противоречие с реальной историей фамилии. На слух она кажется поздней и профессиональной: шахтёр, подрывник, специалист по минированию. Однако в России фамилии, прямо образованные от названий горных профессий (Шахтёр, Проходчик), почти не встречаются — они появились бы только в советское время, когда фамилии уже давно закрепились. Поэтому первая и самая вероятная версия иная.

Скорее всего, Минер — это русифицированная форма немецкой фамилии. В России XVIII–XIX веков жило много немецких колонистов, ремесленников и военных специалистов. Немецкая фамилия Müner, Münner или Minner (от диалектного «Münner» — житель города Мюнстер, либо от «Minne» — любовь, в значении прозвища) при записи в русские документы теряла умлауты и двойные согласные, превращаясь в простого «Минера». Подтверждает это география: фамилия Минер встречается в Поволжье и в Одесской области — регионах, где исторически селили немецких колонистов. Среди них были и горные инженеры, и специалисты по взрывным работам, так что профессиональная подоплёка могла наложиться на фамилию уже в России.

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из еврейского ашкеназского прозвища. В идише «Miner» могло означать «тот, кто ведёт счёт» (от ивритского «миньян» — молитвенный кворум) или быть сокращением от «Минервиц» — фамилии, образованной от названия литовского города. Но здесь нет твёрдых лингвистических доказательств.

Словообразовательная модель фамилии проста: основа «мин-» + суффикс -ер, который в русских фамилиях чаще всего указывает на нерусское происхождение. В исконно русских фамилиях суффикс -ер почти не встречается — он характерен для немецких, еврейских и польских фамилий (ср. Шнайдер, Фишер, Шульц). Поэтому Минер стоит в одном ряду с такими же «ремесленными» заимствованиями, как Токарь, Коваль или Гончар, но с той разницей, что его корень в русском языке не прижился как имя нарицательное.

В дореволюционных источниках фамилия фиксируется в основном среди мещан и цеховых ремесленников западных губерний. Дворянских родов с фамилией Минер не известно. В советское время фамилия могла получить второе дыхание из-за созвучия с профессией горняка, но это уже народная этимология, не имеющая отношения к первоначальному значению.