Фамилия Миркискин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по составу и привлечь данные ономастики, а не интуицию.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским миром. Основа «Миркис» или «Миркиш» — это диалектная форма мужского имени Миркас, Миркаш или Миркиш. Все они восходят к арабскому «амир» (повелитель, князь) с добавлением уменьшительного суффикса. Такие имена были распространены у татар, башкир и других тюркских народов, особенно в среде служилых людей и духовенства. Суффикс «-кин» в фамилии Миркискин — характерный русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность: «чей?» — Миркискин, то есть сын Миркиски. Это типичная модель для фамилий, возникших в XVI–XVII веках в среде крещёных татар или в зонах русско-тюркского пограничья (Поволжье, Приуралье).

Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием. В прошлом существовали топонимы вроде Миркис (например, село в бывшей Казанской губернии). Фамилия могла образоваться от прозвища человека, приехавшего из такого места: «Миркисский» → Миркискин. Однако такая модель (топоним + «-скин») встречается реже, чем патроним от личного имени.

Сложность в том, что фамилия почти не встречается в классических справочниках (у Унбегауна, Никонова или Веселовского). Это говорит о её локальном бытовании. Наибольшее число носителей Миркискиных исторически фиксируется в Пензенской и Самарской губерниях, что косвенно подтверждает связь с тюркским именем: именно там в XVII–XVIII веках селили крещёных татар и служилых людей из Казанского ханства.

Таким образом, Миркискин — это, скорее всего, «сын Миркиса», человека с арабско-тюркским именем, которое в русской среде обросло фамильным суффиксом. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её редкость — прямое следствие узкого ареала распространения.