Фамилия Мирутка — редкий случай, когда прозвище, а затем и фамилия, образованы напрямую от названия птицы. Основа здесь — «мирутка», одно из диалектных названий чайки. В русских говорах, особенно на севере и северо-востоке Европейской России, чайку могли называть «мируткой», «мирухой» или «мирушкой». Слово звукоподражательное, от характерного крика птицы. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог получить прозвище Мирутка за сходство с чайкой: либо за голос, либо за манеру поведения, либо за внешность (например, за светлые волосы, напоминающие белое оперение).

Фамилия оформлена с помощью суффикса -к-, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвищное происхождение. В отличие от патронимических фамилий на -ов/-ев и -ин, которые отвечали на вопрос «чей сын?», фамилии на -ка (Мирутка, Метелка, Ложка) чаще всего фиксировали прозвище человека без прибавления родового суффикса. Такая модель была особенно распространена в среде крестьянства, где прозвище могло закрепиться за семьёй в неизменной форме. В некоторых случаях фамилия могла быть образована от имени Мирута (редкая форма от Мирон или Мирослав) с помощью того же уменьшительного суффикса, но птичья версия выглядит убедительнее: для имени Мирута суффикс -к- дал бы форму Мируткин, а не Мирутка.

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу и Северо-Западу, где слово «мирутка» в значении «чайка» было в ходу. Встречается она преимущественно в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии, хотя отдельные носители есть и в других регионах. В дореволюционных источниках фамилия фиксируется с XVIII века в крестьянской среде, что подтверждает её прозвищное, а не дворянское происхождение. Связи с каким-либо известным родом или титулом нет — это фамилия простого человека, которого соседи прозвали за сходство с крикливой белой птицей.

В современном языке фамилия сохраняет архаичное диалектное слово, почти исчезнувшее из живой речи. Это делает её ценным свидетельством народной зоологической номенклатуры: чайку сейчас так не называют, а фамилия хранит старую лексику. При этом носители фамилии иногда ошибочно связывают её с корнем «мир» или «миро», но лингвистический разбор показывает, что никакого отношения к миру или спокойствию она не имеет.