Фамилия Мирутко звучит на слух как нечто тёплое и спокойное, но её происхождение не так очевидно. В ней отчётливо выделяется суффикс -ко, который в украинской, белорусской и южнорусской ономастике выполняет роль уменьшительного или фамильярного окончания. Такие фамилии часто образовывались от прозвищ или имён, причём -ко могло означать «сын такого-то» или просто «маленький, младший».

Основа «Мирут-» — самая интересная часть. Скорее всего, она восходит к древнему славянскому имени Мирута, которое, в свою очередь, является производным от имени Мир (например, Мирослав, Владимир) или от мирного прозвища. В старину Мирутой могли называть спокойного, уживчивого человека или ребёнка, которого хотели видеть мирным. Также нельзя исключать, что корень связан с глаголом «мирить» — то есть предок мог быть примирителем, посредником в спорах.

Менее вероятна, но возможна версия, что фамилия образована от географического названия вроде села Мирутки или Мирутово. Такие топонимы встречаются в западных областях России и в Беларуси, но широкой известности они не имеют. Если же рассматривать редкую версию с заимствованием, то в румынском языке «miruț» — это ласкательная форма от слова «мир» (в значении «мир, свет»), что даёт ещё один, южный, след.

Словообразовательная модель с суффиксом -ко указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян или мещан, где были распространены патронимы на -ко (как Шевченко, Коваленко). В документах фамилия могла писаться по-разному: Мирутко, Мирутько, Мирудко — в зависимости от местного произношения и грамотности писаря.

Поскольку фамилия довольно редкая, её носители, вероятно, происходят из одного компактного региона, скорее всего, с территории современной Черниговской или Гомельской области, где такие окончания особенно часты. Точных данных о массовом распространении Мирутко в исторических переписях нет, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер.