Фамилия Мирзахонов — типичный пример фамилии, образованной по восточной модели, но с русским патронимическим суффиксом. Её основа — составное имя Мирзахон, которое распространено у многих тюркских и иранских народов, особенно в Средней Азии и на Кавказе. Первая часть, «мирз», восходит к персидскому «мирза» (сокращение от «амир-заде» — «сын эмира, княжич»). Вторая часть, «хон», — это вариант слова «хан» (тюркский титул правителя). Таким образом, имя Мирзахон буквально означает «господин, который является ханом» или «князь-хан», что подчеркивало высокое происхождение или уважение к носителю.

Русский суффикс «-ов» превращает это имя в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Мирзакона» или «потомок Мирзакона». Подобное добавление суффикса — стандартный способ адаптации нерусских имён в Российской империи, особенно в XIX веке, когда многие народы Кавказа и Средней Азии получали фамилии для учёта в документах.

Стоит отметить, что Мирзахонов — фамилия, почти не встречающаяся у этнических русских. Её носители — в основном таджики, узбеки, азербайджанцы, а также народы Дагестана. Географически она чаще всего фиксируется в Таджикистане, Узбекистане и на юге России. В отличие от фамилий, образованных от профессий (Кузнецов) или внешних признаков (Горбунов), Мирзахонов прямо указывает на социальный статус предка — он был человеком знатного или уважаемого происхождения, возможно, потомком местной аристократии.

Варианты написания — Мирзаханова (женская форма) и реже Мирзаханов (с ударением на последний слог, что характерно для некоторых кавказских диалектов). Встречается и более краткая форма — Мирзаев, но она образована от другого корня (просто «мирза» без «хан»). Таким образом, Мирзахонов — фамилия, которая хранит в себе сразу два титула и говорит о родстве с людьми, носившими власть или влияние.