Фамилия Мирзаханов — одна из тех, что построены по сложной двухосновной модели, и её значение складывается из двух тюркских элементов. Первая часть восходит к имени или титулу Мирза. На Востоке, особенно в Иране, это слово, поставленное в конце имени, указывало на принадлежность к царствующей династии или высокому роду. Вторая часть — «хан» — древний титул, который первоначально обозначал вождя племени, например у кочевников Ирана и Афганистана. Таким образом, в основе фамилии лежит составное имя-титул, подчеркивающее знатное происхождение предка.

Своими корнями род Мирзахановых уходит в XV–XVII века, когда подобные составные имена были широко распространены в тюркской и персидской среде. Важно понимать, что в ту эпоху Мирза и Хан не всегда были личными именами в современном смысле. Чаще это были почётные приставки, которые закреплялись за человеком и его потомками. Поэтому фамилия Мирзаханов означает буквально «потомок Мирзахана» или «из рода того, кто носил титул мирзы и хана».

Процесс формирования фамилий у разных народов был длительным, и окончательно говорить о точном месте и времени возникновения конкретного рода Мирзахановых можно лишь на основании генеалогических исследований. Сама фамилия закрепляет за потомками тот высокий статус, который имел их далёкий предок, и несёт в себе память о социальной иерархии Востока, где титул значил больше, чем просто имя.