Фамилия Мырзаханов — типичный пример фамилии, образованной по тюрко-персидской модели, где к сложному имени или прозвищу добавляется русский патронимический суффикс -ов. Её основа распадается на две части: «мырза» и «хан». Слово «мырза» (или «мирза») восходит к персидскому «мирза» (сокращение от «амирзаде» — «сын эмира», «княжич») и в тюркских языках означало писаря, грамотного человека, а позже — дворянина, представителя знати. Вторая часть, «хан», — тюркский титул верховного правителя, военного вождя. Таким образом, составное имя Мырзахан могло означать «хан-писарь», «знатный хан» или «хан из рода мирз» — в зависимости от акцента, который ставился на первую или вторую часть.

Скорее всего, фамилия имеет казахское или киргизское происхождение. В этих языках форма «мырза» (мирза) широко употреблялась как уважительное обращение к знатному или богатому человеку, а также как компонент личных имен. Фамилия Мырзаханов буквально значит «потомок Мырзахана». Её носители — это, вероятно, потомки человека, которого звали Мырзахан, и который, судя по имени, принадлежал к привилегированному слою общества или выполнял административные функции при хане.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что соединяет сразу два титула в основе — что встречается реже, чем однотитульные фамилии вроде Султанов или Бикеев. Суффикс -ов русифицировал имя, закрепив его в русской документации в XIX–XX веках, когда проводилась массовая запись фамилий у кочевых народов. В самой казахской или киргизской среде фамилия могла звучать и без суффикса — Мырзахан, но в паспортной системе Российской империи её записали с русским окончанием.

Несмотря на знатное звучание, не стоит думать, что все Мырзахановы — прямые потомки ханов. Часто такие имена давали как пожелание или как прозвище, отражающее характер или внешность: «Мырза» могло означать опрятного, щеголеватого человека. Поэтому фамилия может указывать не на высокое происхождение, а на личные качества основателя рода.