Фамилия Мисаилов напрямую связана с церковным именем Мисаил. В переводе с древнееврейского оно означает «подобный Богу» или «испрошенный у Бога». В Библии это имя носил сын Узиила, приходившийся дядей Моисею и Аарону. Именно он вместе с братом Элцафаном вынес из святилища тела Надава и Авиуда, сожженных огнем от Господа, за пределы стана.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе на твердый согласный добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность. То есть Мисаилов буквально означает «сын Мисаила», «потомок человека по имени Мисаил». Такая модель в XV–XVII веках стала основной для формирования русских фамилий из крестильных имен, и Мисаилов — один из таких примеров.

В православной традиции имя Мисаил прославлено несколькими святыми. Среди них — епископ смоленский Мисаил (1445–1474), который затем стал митрополитом киевским (1474–1477). Он известен тем, что энергично боролся с католическим влиянием и давлением литовских князей на православную церковь. Ему приписывают авторство летописи, охватывающей период 1254–1425 годов. Другой покровитель имени — архиепископ рязанский Мисаил (1651–1656), который занимался обращением в православие мордвы и татар и погиб от рук язычников.

Сама фамилия Мисаилов — редкая. Она встречается заметно реже, чем, например, Иванов или Петров, что объясняется относительной непопулярностью исходного имени в народной среде. Имя Мисаил чаще давали при постриге в монашество, нежели при крещении мирян, поэтому и фамилия от него образовалась не столь массово. Впрочем, отдельные крестьянские и мещанские роды Мисаиловых встречаются в документах XIX века, особенно в центральных и южных губерниях России.

Стоит различать фамилию Мисаилов и созвучную ей Мисайлов. Вторая образована от разговорной формы того же имени — Мисайло, которая бытовала в украинских и южнорусских говорах. Так что обе фамилии — родственницы, но каждая пошла своим путем в произношении и написании.