Фамилия Мишкилеева — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На слух она кажется производной от имени Мишка, но на самом деле в основе, скорее всего, лежит не имя, а прозвище. Разберём словообразовательную цепочку.

Фамилия имеет характерный для русского севера и Поволжья суффикс -еев, который часто присоединялся к основам на мягкий согласный или к тюркским корням. Основа «Мишкил» не встречается в древнерусских именах, зато близка к диалектным словам. В архангельских и вологодских говорах «мишкиля» или «мишкля» могли называть неуклюжего, мешковатого человека, того, кто ходит вразвалку, «мишкой». Прозвище давали по походке или осанке — отсюда и пошёл корень.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского имени Мишкиль (или Мишкель), которое могло быть занесено в русскую среду через татарские или башкирские контакты. Однако распространение фамилии — если судить по современным данным — тяготеет к центральным и северным областям России, что делает прозвищную версию из диалектной лексики более правдоподобной. Тюркский след не исключён, но он слабее подкреплён географией.

Суффикс -еев указывает на форму притяжательного прилагательного: Мишкилеевы — это «чьи?» — «Мишкилеевы дети», то есть потомки человека по прозвищу Мишкилей. Со временем фамилия закрепилась в женском роде как Мишкилеева. Носительница этой фамилии может быть потомком либо крестьянина-северянина с характерной походкой, либо человека, получившего прозвище от редкого местного слова, которое уже вышло из обихода.