Фамилия Мишучков образована от имени или прозвища Мишучка — уменьшительной формы имени Михаил (через просторечное Мишук). Модель простая: к основе Мишуч(к)- добавили патронимический суффикс -ов, и получилось «сын Мишучки». Такая словообразовательная цепочка — от полного имени к уменьшительному, а затем к фамилии — одна из самых распространённых в русской ономастике.

Интересно, что в основе лежит не стандартная форма Миша или Мишутка, а именно Мишучка. Суффикс -учк- (как в Ванючка, Петручка) встречается реже, чем -ушк- или -еньк-, и придаёт имени оттенок ласкательности, почти домашней фамильярности. Это указывает, что прозвище или нецерковное имя Мишучка бытовало в народной среде, скорее всего в северных или центральных губерниях России, где такие формы фиксировались в писцовых книгах XVII века.

Версия о происхождении от украинского или белорусского варианта Мишук (через суффикс -ук) маловероятна: фамилия Мишучков — типично русская, с великорусским окончанием -ов. Если бы предок нёс украинскую фамилию Мишук, при переселении в Россию её могли переделать в Мишуков, но не в Мишучков. Значит, корень именно в местном прозвище на -учка.

Первые носители фамилии — крестьяне или посадские люди, чей предок носил ласковое имя Мишучка. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, где в XVIII–XIX веках оседали переселенцы из центральных областей.

Спорных версий немного: иногда Мишучков пытаются связать с диалектным словом «мишук» (мешок, неуклюжий человек), но это натяжка — прозвище Мишук в значении «увалень» известно, но суффикс -чк- в таком контексте необъясним. Правдоподобнее всё же держаться антропонимического корня — имени Михаил в его народной форме.