Фамилия Мишучкова — женская форма, мужской вариант — Мишучков. Она образована от прозвища или имени Мишучка, а в её основе лежат сразу две уменьшительные модели: суффикс -ук-/-юк- и суффикс -к-. Первый характерен для западнорусских, украинских и белорусских земель, где он указывал на молодого человека или сына: Мишучка — буквально «маленький Миша» или «сын Миши». Второй суффикс, -к-, в русской традиции также даёт ласкательные формы имён. Получается двойное уменьшение: Миша → Мишук → Мишучка.

Обычно фамилии на -ук/-юк распространены на западе: в Брянской, Смоленской областях, на Украине и в Беларуси. Однако окончание -ов в фамилии Мишучков — типично великорусское, оно пришло позже, когда фамилию оформляли по общероссийской модели «чей?» — Мишучков. То есть носитель фамилии, скорее всего, происходит из региона, где говорили на смешанных говорах, на стыке русского и украинского влияния, например, из южных или юго-западных областей России.

Само имя Миша — народная форма канонического имени Михаил, что в переводе с древнееврейского означает «кто как Бог». Прозвище Мишучка могло относиться не только к ребёнку, но и к взрослому человеку невысокого роста или младшему в семье, которого ласково называли «Мишутка». В старину такие прозвища часто закреплялись за родом, не имея отношения к реальному возрасту.

Словообразовательно фамилия стоит несколько особняком. Обычная модель для уменьшительных имён на -ук — это фамилии без дополнительного суффикса: Мишук, Мишуков. А Мишучков — редкий случай, когда нанизываются два уменьшительных форманта, что делает её более «ласковой» и одновременно более громоздкой. Встречаются однокоренные фамилии Мишуков, Мишутин, Мишуров, но Мишучков выделяется именно двойным суффиксом.

Сословно фамилия не указывает на дворянство. Владельцы таких фамилий — чаще всего крестьяне или мещане, поскольку прозвища от имён в уменьшительной форме были повсеместны в простонародье. В документах XIX века фамилия могла записываться как Мишучковъ, а её носители жили преимущественно в южных губерниях Российской империи.