Фамилия Мишачкова — женская форма фамилии Мишачков, и её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или имени Мишачок. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Михаил (в народной речи — Миша) с суффиксом -ок. Такая модель образования типична для русских фамилий: от прозвищ, описывающих внешность, характер или род занятий. Мишачком в быту могли называть человека по имени Михаил, но не обязательно — иногда так говорили о ком-то маленьком, круглом или напоминающем медвежонка (Миша — народное название медведя). В любом случае, корень здесь прозрачный: Михаил, одно из самых распространённых имён на Руси, дало множество фамилий — от Мишина до Мишагина.

Суффикс -ов в окончании фамилии (Мишачков) указывает на принадлежность: «чей?» — Мишачков, то есть сын или потомок Мишачка. Это стандартная патронимическая модель, характерная для великорусских фамилий, которые оформились в XVI–XVII веках. В отличие от фамилий на -ин (типа Мишин), вариант с -ов здесь объясняется тем, что основа оканчивается на согласный (чк). Интересно, что фамилия Мишачков встречается реже, чем Мишин или Мишагин, и её распространение, судя по архивным данным, в основном привязано к центральным и северным губерниям России — например, в Вологодской и Костромской областях она фиксируется в переписях XIX века.

Географический след фамилии подсказывает, что предки Мишачковых могли быть крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в официальных родословных книгах не значится — это фамилия простого сословия. В некоторых говорах слово «мишачок» имело ироничный оттенок: так дразнили неуклюжего или медлительного человека. Но не стоит забывать, что для большинства носителей фамилии она была просто указанием на отца — Михаила, которого в семье звали Мишачком. Сейчас фамилия редкая, её носители живут в основном в России и странах бывшего СССР, и для многих она — связующая нить с деревенским прошлым, где имя Михаил было едва ли не самым частым.