Фамилия Мышачкова — женская форма фамилии Мышачков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель «основа + -ов/-ев» здесь не срабатывает: Мышачков образован не от имени Мышач, а с помощью суффикса -к- и последующего -ов. Это типичная «фамилия от прозвища», причём прозвище, скорее всего, носило не обиходный, а ироничный или уменьшительный оттенок.

Основа — «мышак». В русских говорах «мышак» — это не только крупная мышь или крыса, но и прозвище мелкого, юркого, суетливого человека. В некоторых диалектах так называли вора-домушника (по аналогии с мышью, крадущейся в дом). Суффикс -к- в прозвище Мышачок (Мышачка) добавлял ласкательный или пренебрежительный смысл: «мышонок», «мелкий, как мышь». Таким образом, Мышачков — это сын или потомок Мышачка, то есть человека с таким прозвищем.

Интересно, что фамилия редкая и географически привязана к центральным и южнорусским областям, где диалектное слово «мышак» было в ходу. В северных говорах его почти не знали, поэтому Мышачковы встречаются в основном в бывших Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях. Встречается и вариант Мышаков — без уменьшительного суффикса, но Мышачков сохранил более конкретную прозвищную форму.

С социальной точки зрения, фамилия, скорее всего, крестьянская: прозвища от животных и их детёнышей были обычны в среде, где люди жили в тесном контакте с природой и не стеснялись метких характеристик. Никакого дворянского или купеческого следа у Мышачковых нет — это «земская» фамилия, которая могла возникнуть в XVIII–XIX веках при массовом закреплении фамилий за бывшими крепостными.

В написании стоит обратить внимание на безударное положение: в устной речи фамилию часто произносят как «Мышачко́ва» (с ударением на последний слог), хотя по правилам ударение должно падать на второй слог — Мыша́чкова. Это типичная ситуация для фамилий на -ов с суффиксом -к-: путаница возникает из-за того, что исходное прозвище Мышачок в быту могло звучать с разным ударением.