Фамилия Мышачков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка не связано с грызуном напрямую. В русских говорах «мышачок» — это не просто уменьшительное от «мышь», а вполне конкретный промысловый термин. Так называли либо мелкого, юркого помощника на охоте или рыбалке (например, мальчика, который лазил в узкие норы или доставал снасти из труднодоступных мест), либо человека, занимавшегося ловлей мышей — мышеловством. Последнее было не шуткой, а реальным ремеслом в крестьянском хозяйстве, особенно в амбарах и зернохранилищах.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: основа «мышачок» плюс патронимический суффикс -ов, который в русских фамилиях отвечает на вопрос «чей?». То есть Мышачков — буквально «сын Мышачка». Такая форма (с суффиксом -ок и последующим -ов) типична для прозвищ, которые закрепились за родом занятий или внешней чертой. Интересно, что фамилия не перешла в более частотные варианты вроде Мышкин или Мышатин — это указывает на её локальный характер и, возможно, происхождение из северных или центральных губерний, где слово «мышачок» бытовало в речи.

Встречается фамилия крайне редко, преимущественно в центральной России и Поволжье. В дореволюционных переписях её носители фиксировались как крестьяне и мещане — ремесленники, чей труд не требовал громкого имени, но был востребован в хозяйстве. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим личностям, что только подтверждает её чисто прозвищное, бытовое происхождение.

Спорных версий немного, но стоит упомянуть: некоторые краеведы пытались связать «мышачка» с диалектным «мышак» — так в некоторых областях называли крота. Если это так, то предок мог быть землекопом или охотником на кротов. Однако более надёжная версия — всё же ремесло мышелова или помощник с прозвищем за ловкость и малый рост.