Фамилия Милачков — довольно редкий пример, где суффикс -ов присоединился не к полному имени, а к краткой форме с уменьшительным суффиксом -к-. Основа здесь — Милач, а это, в свою очередь, производное от имени Мил или Мила. В старину Милом могли называть человека с корнем «мил-» в крестильном имени: например, Милан, Милий, Милован или даже женское Милана (отца могли прозвать по материнскому имени). Но чаще всего «милыми» в народе звали не по имени, а по характеру: ласкового, приветливого человека.

Разберём цепочку. Сначала возникло прозвище Милач — «тот, кто мил, кого жалеют и любят». Суффикс -ач в русских прозвищах активен: он давал оттенок носителя качества (ср. силач, богач, усач). Затем от Милача образовалось отчество Милачков — «сын Милача». Такая модель типична для южнорусских и украинских земель, где суффикс -ов часто наращивали на уже существующие прозвищные формы.

Географически фамилия встречается рассеянно, без явного гнезда. По данным современных телефонных справочников, Милачковы заметнее всего в Ростовской области и Краснодарском крае — это косвенно подтверждает связь с южнорусской антропонимической традицией. Встречается и вариант Милачко — без наращения -ов, что ещё яснее указывает на украинское или белорусское происхождение.

Есть и альтернативная версия, менее вероятная: от болгарского имени Милач (так называют детей в Болгарии). Но в русском контексте фамилия явно сложилась на месте, через прозвище, а не пришла готовой из-за границы. Однокоренные фамилии — Милаков, Милашин, Милаев — все они восходят к тому же корню «мил», но Милачков выделяется редким суффиксальным оформлением, которое сразу выдаёт в предке человека, которого за глаза называли ласково, с оттенком теплоты.