Фамилия Малачков образована по продуктивной модели на -ов, что указывает на её происхождение от личного имени или прозвища Малачко. В русском языке суффикс -к- в основе мог выполнять уменьшительную или уничижительную функцию, а сама фамилия, скорее всего, ведёт начало от нецерковного имени Малачко — производного от основы «мал-». По сути, это прозвище человека невысокого роста, младшего в семье или просто того, кого ласково называли «маленьким».

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «малак» или «малачка» — в некоторых говорах так называли неопытного, молодого человека или даже детёныша животного. Однако эта версия слабее, поскольку для фамилии на -ов типичнее основа в форме притяжательного прилагательного от имени, а не от нарицательного существительного в такой редкой форме.

По географии фамилия Малачков встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в украинских и белорусских землях, где суффикс -ко в именах был особенно распространён. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Малачко, что подтверждает народное, а не книжное происхождение фамилии.

Интересная деталь: фамилия Малачков стоит в ряду однокоренных — Малахов, Малков, Малашков. Но в отличие от них, форма с -чк- встречается реже, что делает её более локальной и, возможно, указывающей на конкретную семью или род, где прозвище закрепилось именно в таком звучании. Социальный состав носителей изначально был крестьянским или мещанским — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.