Фамилия Мишулкова — женская форма фамилии Мишулков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Мишулко. Основа здесь — уменьшительно-ласкательный суффикс -улк-, который в русских говорах часто прикрепляли к именам, чтобы передать оттенок нежности или принадлежности к младшему члену семьи. Мишулко — это производное от канонического имени Михаил (в просторечии — Миша). Суффикс -улк- (сравните: Ванюлка, Петрулка) характерен для северных и сибирских говоров, а также для украинского и белорусского языкового влияния. Таким образом, Мишулков — буквально «сын или потомок Мишулка», то есть человека, которого в быту звали ласково, неофициально.

Модель образования типична для русских фамилий на -ов/-ев, но редкий суффикс -улк- делает её заметной на фоне более привычных Мишин, Михайлов или Мишуров. Если бы фамилия закрепилась в форме Мишулкин, она указывала бы на прямое родство (чей? — Мишулкин), а Мишулков — на принадлежность к роду (из семьи Мишулковых). В документах XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются в переписных книгах Русского Севера и Вятки, где любили разговорные формы имён с суффиксами -улк-, -ун-, -ух-.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь не с именем, а с прозвищем от диалектного слова «мишул» или «мишуля». В некоторых говорах так называли медвежонка, а в пермских и уральских — человека неуклюжего или косолапого. Однако антропонимисты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») склонны считать, что подавляющее большинство фамилий на -ов/-ев с основой на -улк- восходят именно к личным именам, а не к нарицательным словам. Слабость этой версии ещё и в том, что слово «мишул» не фиксируется в авторитетных диалектных словарях как устойчивое прозвище, а скорее является окказиональным образованием.

Географически фамилия Мишулков (и Мишулкова) встречается преимущественно в центральных областях России, а также в Поволжье и на Урале — там, где пересекались потоки переселенцев из северных губерний. В метрических книгах XIX века носители фамилии отмечены в Казанской, Вятской и Пермской губерниях. Сословный состав — в основном крестьяне и мещане, что типично для «патронимических» фамилий, не принадлежавших дворянству. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, но это не делает её менее ценной для семейной истории: Мишулковы — это люди, чьи предки носили простое, но тёплое имя Мишулко, и фамилия сохранила его в веках.