Фамилия Мишустиа — редкая и неочевидная для русского уха. Её первая особенность бросается в глаза: окончание -иа, а не привычные -ов, -ин или -ский. Такое окончание почти не встречается в исконно русских фамилиях, образованных от прозвищ или профессий. Это сразу указывает на иноязычное происхождение — скорее всего, грузинское или, реже, греческое.

В грузинском языке фамилии на -иа (Мишустиа, Гулиа, Данелия) — одна из распространённых моделей. Они указывают на принадлежность к роду или местности. Основа «Мишуст» в грузинском не имеет прозрачного прямого значения, но может быть вариантом личного имени или прозвища. Вполне вероятно, что исходная форма звучала как Мишуста или Мишусти, а русская запись добавила конечное «а» по аналогии с женским родом или просто как графическое оформление. Таким образом, фамилия Мишустиа означает «из рода Мишуста» или «принадлежащий Мишусте».

Вторая версия, менее вероятная, — греческое происхождение. Фамилии на -иа встречаются и у понтийских греков, переселившихся в Россию. В этом случае корень мог быть связан с греческим именем Михаил (через диалектные формы). Но грузинская модель выглядит убедительнее: таких фамилий больше, и они органичнее вписываются в кавказскую ономастику.

Русское ухо могло переосмыслить фамилию как производную от слова «мишура» или «мишуститься» (устаревшее диалектное «льстить, хитрить»), но это случайное созвучие, не имеющее отношения к реальной этимологии. Никакой связи с современным премьер-министром здесь нет — его фамилия Мишустин, с другой основой и другим суффиксом.

Географически носители фамилии Мишустиа в России встречаются редко, в основном на юге страны и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает её кавказские корни. Сословного значения у фамилии нет: она могла принадлежать и крестьянину, и князю, поскольку грузинские фамильные модели не были жёстко закреплены за одним классом. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предки носителя этой фамилии с большой долей вероятности были выходцами из Грузии или причерноморских греческих общин.