Фамилия Мишустина — это женская форма фамилии Мишустин, и разбирать её нужно через мужскую основу, как это обычно и делается в русской ономастике. В основе лежит старинное русское имя или, точнее, обиходная форма крестильного имени Михаил — Мишуста. Так на Руси могли ласково или попросту, по-домашнему, называть Михаила, подобно тому как Ивана звали Ванюшей, а Павла — Павлушей. Имя Михаил пришло из древнееврейского языка и переводится как «благонравный» или «подобный Богу», но для возникновения фамилии важен не столько перевод, сколько то, как имя жило в народной среде.

Сама модель образования проста и типична для русского простонародья: к основе Мишуста добавили притяжательный суффикс -ин. В древности это означало «чей сын» или «чей человек»: Мишустин — это сын Мишусты. Такая схема встречается сплошь и рядом, сравните с фамилиями Пушкин (от Пушка) или Бородин (от Борода). Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивается на мягкий или шипящий звук, что для имён вроде Мишуста абсолютно естественно.

Интересно, что форма Мишуста — не единственная производная от Михаила. Тот же корень дал множество фамилий: Мишустин, Мишутин, Мишуткин, Мишагин, Мишенин. Все они — родственники по происхождению, и все они говорят о том, что предок носителя такой фамилии носил имя Михаил, но в его уменьшительном, бытовом варианте. Это важная деталь: фамилия не отсылает нас к какому-то конкретному занятию или прозвищу, а фиксирует личное имя, что характерно для большинства русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей.

Скорее всего, основатель рода Мишустиных был человеком из простого сословия. Дворянские фамилии чаще образовывались от полных имён или от названий владений, а вот уменьшительные формы — это верный признак демократичного происхождения. Крестьянина, ремесленника или мелкого служилого человека в документах могли записать по отцу: «Ивашко Мишустин сын». Со временем эта формула сократилась до фамилии, которая закрепилась за потомками. Женская форма Мишустина, соответственно, появилась как естественное продолжение: так называли жену или дочь Мишустина.

Если говорить о географии, то фамилия не имеет жёсткой привязки к одному региону, но чаще встречается в центральной России и в областях, куда шло активное переселение из центра, например, на Урале и в Сибири. Это ещё раз подтверждает её «народный» характер: она распространялась вместе с носителями, а не была искусственно присвоена.

В современном употреблении фамилия известна благодаря публичным фигурам, но для рядового носителя важнее другое: за ней стоит конкретный человек — Мишуста, чьё имя сохранилось в веках. Фамилия не несёт в себе ни отрицательного, ни положительного смысла, кроме одного: она честно рассказывает, что ваш предок носил имя Михаил и был, судя по всему, человеком простым и уважаемым в своей среде, раз его прозвание закрепилось за целым родом.