Фамилия Митрушкина образована от мужского имени Митрушка — просторечной, обиходной формы канонического имени Дмитрий. На Руси имя Дмитрий (от греческого Деметриос, посвящённый богине Деметре) было одним из самых распространённых, и народная речь породила десятки его производных: Митя, Митяй, Митроха, Митруха, Митряй. Форма Митрушка — уменьшительно-ласкательная, с характерным суффиксом -ушк-, который в русских именах передавал не просто уменьшение, а часто фамильярно-домашнее обращение.

Модель образования фамилии проста: к основе Митрушк- добавили суффикс -ин, который в русской ономастике обозначает принадлежность. Митрушкин — «чей?» — «сын Митрушки», «человек из семьи Митрушки». Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от отчества или прозвища отца. Такие фамилии на -ин массово складывались в XV–XVII веках в центральных и северных русских землях, особенно в среде крестьян, посадских людей и мелких служилых.

Интересна география фамилии. Судя по архивным данным и современным справочникам, фамилия Митрушкин (и женская форма Митрушкина) встречается прежде всего в Поволжье — в Нижегородской, Самарской, Ульяновской областях, а также в Мордовии и Чувашии. Это не случайно: в этих регионах имя Дмитрий и его производные были особенно ходовыми, а фамилии на -ин в крестьянской среде закрепились раньше и плотнее, чем, скажем, на юге России.

Стоит различать фамилию Митрушкина и внешне похожую Митрошкина. Вторая восходит к имени Митрофан (через форму Митрошка), а первая — именно к Дмитрию. Путаница возможна, но для этимолога разница принципиальна: Митрушка — это Дмитрий, а Митрошка — Митрофан. В фамилии Митрушкина суффикс -ушк- держит ударение на первом слоге, что тоже закрепляет её в ряду «дмитриевских» форм.

Социальный контекст носителей фамилии, насколько можно судить по переписям XIX века, — это в основном государственные крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. То есть предки Митрушкиных — люди, чьё родовое прозвище не вышло за пределы своего сословия, но сохранилось до наших дней как память о том, что в семье когда-то звали деда или прадеда ласково — Митрушкой.