Фамилия Мижеев образована от мужского личного имени, но не от крестильного, а от прозвищного или тюркского. В основе лежит имя или прозвище Мижей. Это краткая форма от имени Михаил (в народном произношении — Михей) или же от тюркского «мыжый» — «сильный, могучий». Второй вариант правдоподобнее, если фамилия встречается в регионах с татарским или башкирским влиянием.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мижеев — «сын Мижея». Модель типична для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный (Мижей → Мижеев). Если бы основа оканчивалась на твёрдый, мы бы видели суффикс -ов, но здесь именно -ев, что подтверждает происхождение от формы с «й» на конце.

География фамилии узкая. Мижеевы встречаются в Поволжье, особенно в Татарстане и Ульяновской области, реже — в центральных регионах. Это косвенно подтверждает версию о тюркских корнях: фамилия могла закрепиться у крещёных татар или у русских, живших в смешанной среде. В дореволюционных переписях Мижеевы числились в основном государственными крестьянами и мещанами.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную подсказку. Есть фамилии Мижев (с усечением основы) и Михеев (от канонического Михей). Мижеев стоит между ними: он сохранил промежуточную форму, которая в других говорах могла превратиться в Мижев или вытесниться церковным вариантом Михеев. Таким образом, Мижеев — не ошибка писаря, а самостоятельная ветвь, отражающая местное произношение.

Точных сведений о дворянском происхождении Мижеевых нет. Фамилия не входит в списки древних родов, и известные носители — люди из крестьянской или мещанской среды. В советское время фамилия не получила широкой известности, её носители оставались в основном в тех же регионах.