Фамилия Миженины образована от прозвища Миженя, и в её основе лежит редкий диалектный глагол, который сохранился во владимирских говорах. «Мижевать» там означало «присматриваться, щурясь, прицеливаться, прилаживаться; стараться попасть во что-то». Если опираться на эту версию, то прозвище Миженя закрепилось за охотником или метким стрелком — человеком, чьё занятие требовало постоянного прицеливания и зоркого глаза.

Но это не единственное объяснение. Ряд исследователей допускает связь прозвища с польским глаголом mijać — «обгонять, опережать». Тогда Миженей называли деятельного и шустрого человека, привыкшего во всём быть первым. Эта версия выглядит правдоподобной, но менее вероятной: для русской деревни такое заимствование было бы необычным, тогда как диалектная лексика встречается в прозвищах повсеместно.

Существует и третья трактовка, которая уводит в другую сторону — к нарицательному «межа», то есть граница земельных участков или невспаханная полоса между пашнями. Если следовать ей, Миженя — это земледелец, чья жизнь была плотно связана с полем и разграничением наделов. Однако фонетически переход от «межа» к «миженя» требует дополнительных допущений, поэтому эта гипотеза слабее первых двух.

Фамилия закрепилась в форме Миженин: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть буквально «сын Мижени». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с окончанием на -а или -я. Сам суффикс — один из самых распространённых в северорусской и центральнорусской традиции, что косвенно подтверждает владимирское происхождение основы.

Стоит учесть, что фамилия могла формироваться не в одной местности, а процесс её становления растягивался на десятилетия. Прозвище Миженя, скорее всего, было самым употребительным именованием человека в быту, а уже его потомки получили фамилию по отцу. Окончательно утверждать, где именно и когда это произошло, можно лишь после серьёзных генеаленических изысканий, но диалектная основа указывает на Владимирскую землю как на наиболее вероятный регион возникновения.