Фамилия Мизитова — женская форма от Мизитов, и её разумнее начинать с мужского варианта, как это принято в русской ономастике. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Мизит. Что оно могло означать — вопрос, на который нет однозначного ответа, но есть несколько рабочих версий.

Самая вероятная гипотеза связывает основу с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий слово «мизит» или близкие к нему формы означают «маленький», «мелкий», «крошечный». В таком случае Мизит — прозвище невысокого человека, возможно, ребёнка или младшего в семье. Фамилии такого типа (от прозвищ по физическим признакам) очень распространены в Поволжье и на Урале, где веками жили вперемешку русские и тюркские народы. География бытования фамилии Мизитовых — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область — эту версию подтверждает.

Менее распространённая, но допустимая версия — от арабского имени Мизид (усиливающий, прибавляющий). В русской среде имя могло адаптироваться до Мизит через оглушение конечного согласного и потерю флексии. Однако для фамилий, образованных от полных арабских имён, чаще встречаются суффиксы -ов/-ев, а здесь мы видим основу без явного арабского следа.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность. Мизитов — буквально «сын Мизита» или «из рода Мизита». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что типично для поздних фамилий, оформившихся в XIX веке у нерусских народов, принявших православие, или у русских в смешанных регионах.

Ударение, судя по произносительной норме в Поволжье, чаще падает на второй слог: Ми́зитов. Встречается и вариант с ударением на последний слог — под влиянием татарского ударения. Спорных версий, кроме арабской, нет, а тюркская выглядит убедительнее за счёт географии и семантики.