Фамилия Мизюков — редкий случай, когда за основу взято не имя и не профессия, а прозвище, связанное с внешностью или манерой поведения, причём с яркой диалектной окраской. Её ядро — слово «мизюк», которое в южнорусских и украинских говорах означало «мизинец» или, в переносном смысле, «маленький, невзрачный человек». В некоторых областях «мизюком» называли того, кто постоянно щурится, мигает или имеет привычку смотреть исподлобья — от глагола «мизюрить» (щуриться, жмуриться). Таким образом, прозвище Мизюк давали либо низкорослому и худощавому мужчине, либо человеку с характерной манерой прищура.

Суффикс -ов в окончании указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Мизюков — «сын Мизюка». В отличие от фамилий на -ин, которые образуются от основ на -а/-я, форма на -ов здесь закрепилась, потому что прозвище Мизюк воспринималось как существительное мужского рода с твёрдым согласным на конце. Это типично для центральных и северных регионов, тогда как на юге России и Украине могла бы появиться фамилия Мизюченко или Мизюк без суффикса.

Географически фамилия Мизюков привязана к Курской, Белгородской, Воронежской и Ростовской областям — именно там фиксируются ранние письменные упоминания. Встречается она и у донских казаков, что неудивительно: говорные особенности юга России сохраняли корень «мизюк» дольше, чем в литературном языке. Интересно, что однокоренные фамилии — Мизюрин, Мизерков, Мизгирёв — имеют ту же смысловую основу (мелкий, щуплый), но разошлись по разным суффиксальным моделям.

Сословная принадлежность Мизюковых была преимущественно крестьянской и однодворческой. В исповедных ведомостях XVIII–XIX веков эта фамилия встречается в среде государственных крестьян и казаков, реже — у мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что делает её типичным примером народной ономастики, где прозвище закрепилось без изменений через поколения.

Споров о происхождении немного: версия с «мизинцем» и «щурящимся» — основные, и обе укладываются в логику русских прозвищ по физическому признаку. Фантастические гипотезы вроде связи с тюркским «миз» (медь) или греческим «мизос» (ненависть) лингвисты не рассматривают всерьёз — в них нет ни фонетического, ни исторического обоснования.