Фамилия Мнекин — одна из тех, где внешняя простота скрывает неочевидный корень. На первый взгляд она напоминает фамилии на «-ин», образованные от женских имён с основой на «-а» (Мня, Мнека), но это не единственная версия.

Самый прямой путь — от прозвища Мнека, которое могло возникнуть из глагола «мнить» (думать, полагать, воображать). В старых говорах «мнекать» означало «думать, размышлять, понимать». Человека, который постоянно о чём-то раздумывал, медлил с решением или, наоборот, был себе на уме, могли прозвать Мнекой. Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Мнекин, то есть сын или потомок Мнеки.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: основа могла быть связана с диалектным словом «мнёк» — так в некоторых регионах называли мякиш хлеба или что-то размятое, мягкое. В этом случае прозвище могло относиться к человеку мягкотелого, уступчивого характера. Однако глагольное происхождение выглядит надёжнее, так как в русской антропонимии прозвища от глаголов мыслительной деятельности встречаются часто (Дума, Гадай, Мыслин).

Словообразовательная модель фамилии — типичная для северных и центральных областей России, где фамилии на «-ин» от прозвищ, оканчивающихся на «-а», были распространены повсеместно. В отличие от фамилий на «-ов», которые чаще образовывались от мужских имён и прозвищ на твёрдый согласный, «Мнекин» стоит в ряду «Кузьмин», «Ильин», «Птицын» — то есть от основ на «-а» или мягкий согласный.

Сословная принадлежность носителей фамилии не закреплена: Мнекины могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми. В дореволюционных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в пределах одной-двух губерний. Сейчас она тоже остаётся малочисленной, что делает её интересным объектом для генеалогического поиска: найти своих Мнекиных проще, чем носителей распространённой фамилии.