Фамилия Мочайкина — женская форма, мужской вариант — Мочайкин. Это типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мочайкин буквально означал «сын Мочайки» или «человек из семьи Мочайки». В основе лежит прозвище или некалендарное имя Мочайка.

Корень здесь — «моч-», который в русских говорах многозначен. Самая прямая и правдоподобная версия связывает прозвище с глаголом «мочить». Мочайкой в северных и вологодских говорах могли называть того, кто постоянно мокнет или мочит других — например, рыбака, прачку, бондаря (мочащего бочки) или просто человека, работающего в сырости. Менее вероятная, но возможная связь — с диалектным словом «моча» (влага, сырость) или с растением «мочай» (болотная трава), откуда прозвище могло достаться жителю сырой, болотистой местности.

Словообразовательная модель с суффиксом -к- (Мочайка) характерна для уменьшительно-пренебрежительных или обиходных форм имени или прозвища. В XV–XVII веках такие формы легко становились фамилиями. В архивных записях фамилия встречается в основном в центральных и северных губерниях России, что подтверждает её диалектную основу. Однокоренные фамилии — Мочалов, Мочалин, Мочаев — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о широком бытовании прозвищ на «моч-».

Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянского или посадского происхождения. Никаких громких исторических носителей в открытых источниках не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ. Таким образом, предки Мочайкиных — простые люди, чью профессию или особенность местности закрепили в родовом имени.