Фамилия Могунов образована от личного имени или прозвища Могун. В её основе лежит тюркское или монгольское слово, и это сразу выделяет фамилию на фоне привычных русских родовых имён, образованных от славянских имён или прозвищ.

Значение исходного слова Могун трактуют по-разному. Наиболее устойчивая версия возводит его к алтайской основе со значением «бессмертие». В этом случае имя могло нести пожелательный смысл: так называли ребёнка, желая ему долгой жизни, или давали как оберег. По другой, менее распространённой версии, Могун переводится как «извилистый» или «колеблющийся». Такое прозвище могло отражать особенности характера или поведения человека — например, нерешительность или, наоборот, хитрость и непрямолинейность. Обе трактовки остаются гипотезами: письменных источников, которые зафиксировали бы имя Могун в древнерусских документах, мы не находим, поэтому говорить о точном значении сложно.

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна. К основе Могун добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность: Могунов буквально означает «сын Могуна», «потомок Могуна». Такая модель была самой распространённой в русской ономастике XV–XVII веков, когда фамилии формировались от имён отцов. Это говорит о том, что носитель фамилии — русский человек, но его предок носил имя восточного происхождения.

Сам факт существования такой фамилии — живое свидетельство культурных контактов. Имена и прозвища из тюркских и монгольских языков проникали в русскую среду через татаро-монгольское влияние, торговые связи и смешанные браки. Со временем восточное имя полностью ассимилировалось, утратило связь с исходным языком и стало восприниматься как обычное русское прозвище, а затем и фамилия.

В написании фамилии нет вариантов, которые могли бы указывать на разные региональные традиции: форма Могунов единообразна. Однокоренные фамилии — Могунов, Могутин, Могучий — встречаются редко, и каждая из них имеет собственную историю. Могунов не стоит путать с фамилией Могунов, образованной от прилагательного «могучий»: здесь иная основа и иное происхождение.

Сведений о конкретных исторических носителях фамилии Могунов в открытых источниках мало. Но это не умаляет её ценности: фамилия сохранила память о восточном имени, которое почти исчезло из употребления, и напоминает о том, как тесно переплетались культуры на территории России.