Фамилия Могунова предположительно образовано от восточного личного имени Могун, которое, возможно, восходит к некой алтайской основе, что значит «бессмертие», по другой версии - «извилистый» или «колеблющийся». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Могуновых можно лишь на основании генеалогических исследований.