Фамилия Моисеи стоит особняком в ряду привычных русских фамилий. Её окончание на «-и» сразу выдаёт нетипичную модель образования. Подавляющее большинство русских фамилий образуется с помощью суффиксов принадлежности (-ов/-ев, -ин) или через адъективные окончания (-ский, -ой). Форма на «-и» — это либо застывшая форма родительного падежа множественного числа (как в фамилиях Седых, Черных), либо, что вероятнее для данной фамилии, прямой след украинской или белорусской ономастической традиции. В этих языках фамилии на «-ий» и «-ій» нередко усекались до «-и» или «-і»: Моисеев мог превратиться в Моисеї, а при русификации — в Моисеи.

Основа фамилии — библейское имя Моисей (от древнееврейского «вынутый из воды»). Это имя было широко распространено у всех славянских народов, особенно у евреев и в православной среде. Однако фамилия Моисеи, в отличие от Моисеев или Моисеенко, встречается гораздо реже. Это может указывать на то, что её носители происходят из регионов, где была принята именно такая модель фамилеобразования: например, из западных областей Российской империи, где украинское влияние смешивалось с польским (окончание «-и» могло быть калькой с польского -i). В польском языке фамилии типа Mojżesz часто давали форму Mojżeszy, что при адапции давало Моисеи.

Вторая, менее вероятная, но любопытная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище в форме множественного числа. В некоторых говорах так называли потомков одного человека: «Моисеи» — то есть «род Моисея». Но для этого фамилия должна была закрепиться в форме, не типичной для русского языка, что опять же отсылает к украинскому или белорусскому влиянию.

Социальный контекст фамилии неоднороден. В документах XIX века фамилия Моисеи встречается в основном среди мещан и крестьян Черниговской, Киевской и Волынской губерний. Встречаются единичные записи у священников, но это скорее исключение. Написание фамилии могло варьироваться: Моисеи, Моисей, Моисеич, что затрудняет поиск в архивах. Если ваш предок носил фамилию Моисеи, с высокой вероятностью он был выходцем из западнорусских земель, а его фамилия — это не что иное, как усечённая форма отчества «Моисеев» или «Моисеевич», записанная на местный лад.