Фамилия Мокасеева — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а иноязычное слово, попавшее в русский быт через прозвище. Искать её корни стоит не в славянских именах, а в тюркских или кавказских языках. Наиболее вероятная версия: основа «мокас» — это искажённое «мукас» или «макас», что в ряде тюркских наречий означает «ножницы». Прозвище Мокас могли дать портному, скорняку или цирюльнику — человеку, чья работа была неразрывно связана с режущим инструментом.

Суффикс -еев указывает на русскую патронимическую модель: Мокасеев — буквально «сын Мокасея». Но здесь есть тонкость. В фамилиях на -еев основа почти всегда оканчивается на -ей (Андрей — Андреев, Матвей — Матвеев). Значит, сначала от прозвища Мокас образовали обиходное имя Мокасей (по той же модели, что Тарас — Тарасей, Денис — Денисей), а уже от него — фамилию. То есть предок носителя фамилии звался не Мокас, а Мокасей, что для русского уха звучало более привычно.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «мокас» или «мокос» — диалектное название мокрого, сырого места, болотины. Тогда прозвище Мокасей мог получить человек, живший у болота или на сырой низине. Однако эта гипотеза слабее: в русских говорах для обозначения болота куда чаще встречаются слова «мочажина», «мокрядь», а форма «мокас» нигде не зафиксирована как устойчивый географический термин.

Фамилия нечастотная, и её география сегодня размыта — носители встречаются и в центральной России, и в Поволжье, но нигде не образуют компактных гнёзд. Это косвенно подтверждает, что фамилия возникла не в одном селе, а в разных местах независимо — от однотипных прозвищ, данных людям одной профессии. Сословно Мокасеевы, скорее всего, были крестьянами или мещанами: в дворянские родословные книги фамилия с таким «ремесленным» корнем не попала.