Фамилия Мохоньков — редкий случай, когда географическая привязка оказывается едва ли не важнее, чем разбор корня. Носители этой фамилии исторически сосредоточены в одном регионе — на юге России, в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае. Это сразу подсказывает, что фамилия не пришлая, а местная, южнорусская, и её основа, скорее всего, связана с диалектным словом.

В основе фамилии лежит прозвище или некалендарное имя Мохонько. Суффикс -к-о типичен для украинской и южнорусской антропонимии: он образует уменьшительно-ласкательные или просто обиходные формы имён и прозвищ. В данном случае Мохонько — это, по всей видимости, вариант от «мох» или «мохнатый». В южных говорах «мохоньким» могли называть человека с пушистыми, торчащими волосами, с густой бородой или бровями. Реже — прозвище по сходству с мхом: нечто мягкое, ворсистое, неопрятное.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Мохоньк- добавили патронимический суффикс -ов. Мохоньков — буквально «сын Мохонька». Примечательно, что суффикс -ов, а не -ин, закрепляет мужской род прозвища: Мохонько — он, а не она, поэтому фамилия не перешла в разряд «материнских» (типа Мохонькин).

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «мохониться» — медлить, мешкать, возиться. В этом случае Мохонько мог получить человек неторопливый или нерасторопный. Но лингвистически эта гипотеза слабее: глагол редкий, а прозвища от него почти не фиксируются.

Сословно Мохоньковы — почти наверняка крестьянский род. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, не имеет «барских» суффиксов (-ский/-цкий) и не восходит к церковному имени. Это типичная «уличная» фамилия, которая закрепилась за одной семьёй в конкретном селе и лишь потом, при переписях, стала наследственной.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записывать как Моханьков (через «а») — это следствие акающего произношения южнорусских говоров. В современных справочниках закрепился вариант с «о», но в архивах Воронежской губернии встречаются обе формы.