Фамилия Мохонова образована от прозвища или нецерковного имени Мохон. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит слово «мох» — болотное растение. Такие «растительные» прозвища были широко распространены в русских деревнях: Мох, Мохов, Мохоня. Человека могли прозвать Мохоном за схожесть с мхом — например, за неопрятность, заросший вид или, наоборот, за мягкий, «бархатистый» характер.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на принадлежность: Мохонов — сын Мохона. Это типичная модель русских фамилий, закрепившаяся в XVI–XVII веках. Интересно, что в северных и северо-восточных говорах (архангельских, вологодских) слово «мохоня» могло означать не только «мохнатый», но и «медлительный, вялый человек». Таким образом, фамилия могла нести не внешнюю, а поведенческую характеристику.

Встречается и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским именем Мохон (вариант имени Мухан), но для фамилии с русским суффиксом -ов это скорее исключение. Подавляющее большинство Мохоновых — носители именно русского прозвищного корня.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России. Встречается в старых переписных книгах Вологодской и Костромской губерний. Написание с буквой «о» в корне устойчиво, хотя в диалектной речи могло произноситься как «Махонов» — это искажение не меняет сути. Фамилия редкая, не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, что указывает на её крестьянское или посадское происхождение.